《意见》强调，依托单位应建立完善科研伦理和科技安全审查机制，防范伦理和安全风险。按照有关法律法规和伦理准则，建立健全科研伦理和科技安全管理制度；加强伦理审查机制和过程监管，加强生物安全、信息安全等科技安全责任制；强化宣传教育和培训工作，提高科研人员在科研伦理、科技安全等方面的责任感和法律意识。
《意见》首先界定了依托单位在科学基金管理中的角色和地位，即作为科学基金管理体系的重要组成部分，依托单位是本单位科学基金管理的责任主体，具有项目申请、组织实施、验收结题、资金使用、成果管理和诚信建设等方面的法人管理职责。
在优化对科研人员的管理和服务方面，《意见》指出，依托单位应赋予科研人员更大的人财物自主支配权，减轻科研人员不必要的负担。
在加强科研诚信方面，《意见》要求，依托单位应切实履行科研诚信建设第一主体责任，禁止处于失信惩罚期的科研人员申请或者参与申请科学基金项目，积极配合调查。
在优化项目管理方面，《意见》强调，依托单位应加强基金项目申请、实施、结题等各个阶段的工作，避免“重数量、轻质量”“重申请、轻管理”“重立项、轻结题”的情形。
在加强科学基金资助监督管理方面，《意见》强调，将严格执行自然科学基金委对项目申请人、负责人、参与者因违反《国家自然科学基金条例》（以下简称《条例》）及自然科学基金委相关规定作出的惩处决定。依托单位存在《条例》规定情形，不依法履行科学基金管理职责，情节严重的，自然科学基金委将给予通报批评，3至5年内不得作为依托单位。
同时，自然科学基金委将完善定期抽查制度，建立依托单位综合信用评价体系和管理机制，按照信用评级对依托单位实行分级分类管理，将信用评价结果与间接费用核定及奖惩挂钩。
此外，《意见》还围绕依托单位科学基金管理和制度建设、资金管理及成果管理等方面作出详细规定。
据悉，自2007年《条例》颁布实施以来，自然科学基金委制定了一系列有关依托单位管理的规范性文件，形成了目前科学有效的依托单位管理模式。此次出台的《意见》旨在深入落实科技领域“放管服”改革，加强自然科学基金委对依托单位的科学有效管理，更好地发挥依托单位在科学基金工作中的作用，推进科学基金事业健康发展
